A metodologia de ensino do Colégio Ágape está baseada na proposta socioconstrutivista, ou seja, o objetivo é levar a criança e o adolescente a explorar e a descobrir todas as suas possibilidades, traçar seus objetivos, fazer relações de tempo e espaço e, com isso, desenvolver a sua capacidade de observar, descobrir e pensar. As atividades são elaboradas com o intuito de aliar o conhecimento à realidade do aluno, proporcionando, assim, um sentido prático à aprendizagem da criança e do adolescente.